A tőzsde legfőbb döntéshozatali fóruma a közgyűlés, melynek feladatkörébe tartozik az Igazgatóság és a Felügyelő Bizottság tagjainak megválasztása.  

Igazgatóság és Felügyelő Bizottság

Az Igazgatóság a társaság ügyvezető szerve, tagjainak megbízatása a megválasztásukat követő harmadik évi, jelenleg a 2014. évi rendes közgyűlésig szól. A Tőzsde Alapszabályában rögzítettek szerint az Igazgatóság 3-7 tagból állhat (jelenleg 7 fő), akik közül a tagok egyszerű szótöbbséggel választják meg az Igazgatóság elnökét és alelnökét.

A Felügyelő Bizottság a társaság ügyvezetését ellenőrzi. A bizottság tagjainak megbízatása szintén a megválasztásukat követő harmadik évi, jelenleg a 2014. évi rendes közgyűlésig szól. A BÉT Alapító Okirata alapján a Felügyelő Bizottság 3-6 tagból állhat (jelenleg 3 fő), akiket a közgyűlés választ meg és a tagok nem lehetnek a Budapesti Értéktőzsde Zrt. alkalmazottai.

Szervezeti felépítés

A tőzsdei kereskedelem szervezése, belső felügyelete, a közgyűlés és az Igazgatóság döntéseinek a végrehajtása, a tőzsdei információk nyilvánosságra hozatala, valamint a társaság gazdálkodási tevékenységének végzése a vezérigazgató feladatköre a BÉT szervezetének közreműködésével.

Érdekképviseleti bizottságok 

A Tőzsdének a Tőkepiaci törvényben lefektetett elvek szerint biztosítania kell, hogy a Tőzsdén kereskedő befektetési szolgáltatók, a kibocsátók, illetve a befektetők a Tőzsde döntéshozatalában véleményezési jogkörrel részt vegyenek. Ennek biztosítására a Tőzsde érdekképviseleti bizottságokat működtet, melyek tagságát a kereskedők és kibocsátók választják, mandátumuk pedig a Tőzsde Igazgatóságának mandátumával egy időben jár le.

A Kereskedési Bizottság a kereskedők szakmai véleményét fogalmazza meg, részt vesz a kereskedőket érintő szakmai kérdések érdekképviseletében, valamint biztosítja a döntések szakmai kontrolljának intézményes lehetőségét.

A Kibocsátói Bizottság létrehozatalának célja, hogy a Bizottság a kibocsátók szakmai véleményének megfogalmazásával az őket érintő döntések előkészítésében részt vegyen, képviselje a kibocsátók érdekeit, valamint a döntések szakmai kontrolljának intézményes lehetőségét biztosítsa.

A befektetők érdekképviseletét ellátó személy joga minden olyan javaslat véleményezése, amely érinti a befektetői érdekeket. A képviselő személyét a befektetői érdekképviseleti szervezetek, szövetségek választják.

Szakmai bizottságok

A Tőzsde a stratégiai és üzleti döntéseinek előkészítésére, megalapozására az érdekképviseleti bizottságok mellett további szakmai bizottságokat is működtet, amelyek egyes speciális üzletpolitikai kérdésekben hivatottak véleményt formálni.

A Tőzsde az Elszámolási Bizottságot a tőzsdei elszámolási rendszerrel kapcsolatos döntések előkészítésében történő részvétel és szakmai kontroll biztosításáért hozta létre. Tagjait és elnökét az Igazgatóság választja, a tőzsdei kereskedőcégek javaslata alapján.

Az Index Bizottság a Budapesti Értéktőzsde indexeinek továbbfejlesztésére, karbantartására jött létre, feladata az egyéb tőzsdei mutatók kidolgozása és publikálása is. A független piaci szakemberekből álló Bizottság tagjait az Igazgatóság nevezi ki, ügyelve arra, hogy mind a kereskedői, mind a kibocsátói, valamint a befektetői oldal is képviseltesse magát.

A Delivery Bizottság feladata a gabona tőzsdei ügyletek fizikai teljesítése során a teljesítés megsértésének kivizsgálása és esetleges szankció alkalmazására vonatkozó javaslattétel. Tagjait az Igazgatóság választja meg a Tőzsde áruszekciójában szekciótagsággal rendelkező tagok által jelölt személyek köréből.

A Felelős Társaságirányítási Bizottság feladata, hogy irányítsa a Felelős Társaságirányítási Ajánlások továbbfejlesztését a hazai szakmai igények, a készülő EU jogszabályok és az általános nemzetközi tendenciák figyelembe vételével, valamint képviselje a szakmai szempontokat a társasági jog továbbfejlesztése terén. A Bizottságban jelen vannak a kibocsátók, a szabályozó hatóságok és a Tőzsde képviselői, valamint független piaci szakértők, jogászok is. Tagjait az Igazgatóság nevezi ki.